Theo Ilgan Sports, nhân viên của Mnet Produce 101 Mùa 2 đã cố gắng tìm một thực tập sinh đã nói chuyện với truyền thông rằng họ bị phân biệt đối xử theo thứ hạng. Ilgan Sports tường thuật rằng các thực tập sinh bị phân biệt đối xử, chẳng hạn như quyết định phân bổ thời gian việc tắm rửa và bữa ăn theo thứ hạng khác nhau. Ngoài ra có những vấn đề về các chàng trai bắt nạt lẫn nhau hoặc sao chép vũ đạo. Từ sự cố này đã gây nên một chấn động không nhỏ cho cộng đồng mạng Hàn Quốc.

Han Jong-yeon của công ty Maroo Entertainment đã rời chương trình do một vụ ẩu đả và tấn công tình dục nghiêm trọng. Một bạn học cũ đã buộc tội Han Jong-yeon là bắt anh ta phải thủ dâm trước mặt bạn bè, buộc anh ta phải đánh lộn với bạn của Han Jong-yeon, hơn nữa còn khóa anh ta trong phòng thiết bị làm sạch, và nhiều hơn thế nữa.

Kwon Hyun-bin của công ty YGKPLUS đã buộc phải xoá tất cả hình ảnh của mình trên Instagram sau khi bị khán giả chê bai, chỉ trích và có những bình luận tiêu cực. Trong Tập 4, Kwon Hyun-bin đã bỏ qua việc luyện tập "Sorry Sorry" và nhận những lời chỉ trích gay gắt từ các thực tập sinh khác vì thiếu tập trung. Nhóm của Kwon Hyun-bin đã thắng phần biểu diễn trực tiếp và anh ấy nhận về số điểm cao nhất trong hai nhóm. Trong suốt buổi biểu diễn, các huấn luyện viên nhận xét rằng anh đã "sẵn sàng debut". Sau màn biểu diễn Kwon Hyun-bin phát biểu "Tôi ở đây bởi vì tôi thực sự muốn debut như một ca sĩ" và "Tôi đã đánh đổi tất cả mọi thứ cho cuộc thi này". Mặc dù có lượt bình chọn cao nhất nhưng cư dân mạng vẫn chỉ trích Kwon Hyun-bin vì sự thiếu chân thành của anh ấy.

Ha Min-ho của The Vibe Label bị cáo buộc liên quan đến việc quan hệ tình dục với trẻ vị thành niên. Nội dung tin nhắn từ Instagram và Facebook của Ha Min-ho với nhiều fan nữ được phát tán trên các diễn đàn, gây ra chấn động lớn. Anh cũng bị buộc tội quấy rối tình dục và bắt nạt bạn gái cũ ở giữa trường học. Sau khi thảo luận với Mnet Ha Min-ho đã rời chương trình và hủy hợp đồng với The Vibe Label.

Kêu gọi bình chọn

Lee Ki-won của 2Y Entertainment bị buộc tội gian lận bằng cách cố gắng vận động phiếu bầu cho cuộc thăm dò ý kiến ​​của Mnet. Lee Ki-won đã gợi ý bài hát của mình bằng dòng chữ "Oh Ki Won> Sa Ki Won Sam Ki Won Lee Ki Won" trên Instagram. Công ty quản lí của Lee Ki-won đã thông báo rằng anh sẽ không được sử dụng phương tiện truyền thông đến khi kết thúc cuộc thi. Một tuyên bố tiếp theo làm rõ rằng công ty quản lí 2Y Entertainment cố gắng tăng sự nổi tiếng của Lee Ki-won trong khi anh bị cáo buộc là ngủ và không ý thức.

Kim Dong-bin của Kiwi Media Group cũng tham gia vào việc gian lận vận động phiếu bầu cho cuộc thăm dò ý kiến ​​của Mnet. Ảnh chụp màn hình tin nhắn KakaoTalk tiết lộ rằng ba của Kim Dong-bin đã yêu cầu người đứng đầu fanclub quảng cáo cho "Never" hoặc "Open Up" vì đó là bài hát mà cho Kim Dong-bin muốn biểu diễn.